与所有琪蝶鱼属鱼种一样，红海金珠仙的幼鱼和成鱼在体色和花纹上并没有太大差异。幼鱼时期的红海金珠仙，体前半部珍珠白色，后部靠近尾柄处为黑色。胸鳍、腹鳍软条部分以及尾鳍黄色。背鳍和臀鳍颜色与体色一致，珍珠白色至黑色，具天蓝色边线。吻部至前额黄色，具黑色眼带。当红海金珠仙长至成鱼时，体卵圆形，珍珠白色的身体泛着金黄色，因此得名“金珠”。背鳍和臀鳍一致黑色。头部黑色眼带扩散，吻部至鳃盖后方均为黑色，眼睛斜后方具一瞳孔直径大小的金黄色斑点。需要注意的是，另一种俗称“珠仙”（Apolemichthys xanthurus）在体色和体型上与红海金珠仙非常相似，主要区别在于珠仙的体色没有泛出金色，头部为棕褐色至黑色且眼睛后方颜色较浅，没有与黄色的斑点形成强烈的反差。